В панели управления Virtualmin установить бесплатный SSL сертификат Let's Encrypt очень легко. Для этого нужно чтобы выполнялись некоторые требования:

• домен должен быть доступен по доменному имени¹⁾
• нужно указать рабочую почту при запросе сертификата
• возможны проблемы в случае использования проксирующего сервиса²⁾
• все Aliases что указаны для домена или поддомена должны также быть доступны ³⁾

Рассмотрим пример получения сертификата для домена testdomain.com.

Логинимся в панель управления и переходим в управление доменом testdomain.com. Сначала убедимся что у нас включена поддержка SSL в веб-сервере apache для нашего домена. Для этого переходим в Edit Virtual Server –> Enabled features и убеждаемся что у нас стоит галочка напротив пункта Apache SSL website enabled?. Если это не так ставим галочку и нажимаем Save Virtual Server:

После этого будет создан конфигурационный файл для протокола https нашему домену.

Теперь можно приступить к созданию самого сертификата. Для этого переходим Server Configuration –> Manage SSL Certificate –> Let's Encrypt:

• Request certificate for:
  • Domains associated with this server - алиасы которые будут добавлены в сертификат.⁴⁾
  • Domain names listed here - если алиасы поставленные автоматом в предыдущем пункте Вам не подходят то здесь можно указать кастомные.
• Months between automatic renewal - есть возможность обновлять сертификат автоматически и вручную
  • Only renew manually - если выбрать этот пункт то придется обновлять сертификат только вручную.
  • 2 - количество месяцев через которое будет обновляться серт. Мы указали 2 месяца.⁵⁾
• Request Certificate - запрос на получение сертификата.
• Only Update Renewal - пункт для обновления сертификата вручную.

Делаем все как на скриншоте и нажимаем Request Certificate. Если не выбило никакой ошибки то через пару минут можете пробовать заходить на Ваш сайт по протоколу https. В случае успеха в адресной стоке должен появиться зеленый замочек.

Файлы сертификата должны сохраниться в директории: /home/USER/. В нашем случае /home/testdomain/.

Проверить валидность сертификата можно, например онлайн сервисом sslshopper.com

Также рекомендуем настроить редирект на протокол https

В случае если зеленый замочек не появиться и Ваш сайт будет криво отображаться по протоколу https нужно проверить на наличие ошибки mixed content. Сделать это можно, например нажав в браузере Chrome или Firefox комбинацию клавиш ctrl+c и выбрав пункт console или консоль.

Решение:

Ошибка mixed content, часть ссылок открывается по https://, а часть по http:// 
Нужно или сделать независимые ссылки чтобы домен был доступеy и по http:// и по https:// или жестко закрепить за https:// 
Т.е. Вам нужно переделать ссылки http://mydomain.com --> //domain.com  или же жестко закрепить из за https://mydomain.com

Сначала смотрим в админку сайта и правим там http на https если есть такая возможность. Также ссылки могут быть в базе, в конфигурационных файлах движка, плагинов или тем ну и конечно же в кеше. Иногда нужно очистить кеш чтобы увидеть нужный результат.

Также желательно сообщить поисковым системам о новом адресе, для этого нужно:

• В robots.txt меняем строки Host и Sitemap на новый защищенный протокол https.
• В WEB-мастерской Google добавляем новый сайт с указанным протоколом «https» и заполняем всю необходимую информацию для нового протокола.
• В WEB-мастерской Yandex нужно выбрать Ваш сайт → «индексирование» → «переезд сайта» → поставить галку для «https».