Для использования файлового менеджера webmin+virtualmin прейдите на нужный домен, File Manager, после перехода вы сразу попадете в корневую директорию домена
2. В файловом менеджере вы можете управлять файлами, загружать архивы, удалять, создавать, править файлы через меню как на скрине ниже
3 . Что бы использовать текстовый редактор для правки файлов, выберите нужный файл, нажмите на 3 точки возле меню с галкой, и выпадит меню