Для управления файрволом в Webmin+Virtualmin установлен специальный модуль Linux IPTables Firewall
Перейдите во вкладку Webmin далее Networking > Linux Firewall

Если правила для файрвола были заданы ранее, то Вы увидите их список. Вы можете удалить те правила которые считаете лишними либо дополнительно добавить свои.
Можно также автоматически сгенерировать правила при помощи паенли управления.
Для этого нужно прокрутить страницу вниз и нажать на «Reset Firewall»

Для базовой автоматической натройки файрвола выберите «Block all except ports used for virtual hosting, on interface: eth0»
Интерфейс eth0 - опция по-умолчанию и в большинстве случаев является верной, если у Вас используется другой интерфейс - выберите его. Далее нужно нажать «Setup firewall». Поставьте галочку напротив «Enable firewall at boot time?» если хотите чтобы правила применялись после перезагрухки системы.
Webmin сгененрирует набор правил iptables

Теперь у нас есть базовый набор правил, согласно которому, разрешен входящий трафик на стандартные порты, а также ICMP трафик (для работы таких сервисов как, например, ping). Трафик не соответствующий данным правилам будет отброшен.
В графе «Comment» приводится описание каждого правила. Чтобы сохранить изменения нужно нажать на «Apply Configuration»